정부가 대테러센터의 조직ㆍ정원 및 직무범위 사항을 규정한 국무조정실과 그 소속기관 직제 일부 개정안(이하 직제 개정안)을 지난 5월 2일 발표하였다. 테러방지법 상 핵심 실무조직이라 할 수 있는 대테러센터의 구성과 직제에 대해 모법이나 시행령에 규정하지 않고 별도의 직제령에 위임한 것 자체가 이 국민사찰법에 대한 민주적 통제를 회피하고 국정원에게 포괄적인 사찰권한을 안겨주려는 꼼수라는 비판이 있어왔다. 우려 속에 공개된 직제령은 그간의 우려를 사실로 확인시켜주고 있다.