(1) 해양수산부에 대해

 -노량진수산시장현대화사업의 법적 근거는 <농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률>에 의거한 것인 만큼, 현재 해양수산수가 추진하고 있는 현대화사업의 추진 방향이 근거법의 목적에 부합하는지 여부

 -신규 건설된 현대화시설이 기존 도매시장을 안정적으로 대체할 수 있는 시장 건물로 부적합함에도 불구하고 현대화사업을 책임 정부부서인 해양수산부가 정책적 책임을 하지 않는 것의 정당성 여부

 -해양수산부는 2006년에 수행한 KDI 용역타당성보고서의 경제성 분석을 근거로 국고보조금 1,540억원을 지원하였으나, 이후 추진된 현대화사업이 KDI 보고서의 취지와 다름에도 이에 대한 조치를 취하지 않은 것이 적절했는지 여부

 -당초 현대화사업에 따른 신축공사비용이 2012년 계약당시 1,827억원이었는데 최종적으로 2,134억원으로 증액되었고, 또 기존 비축기지 매입에 따라 2,276억원의 추가 비용이 발생했음에도 불구하고 국고보조사업의 관리 책임자인 해양수산부가 이와 같은 사업비 증액에 대해 사업관리자로서 법적 책임을 다했는지 여부

(2) 수협중앙회에 대해

 -국고보조사업의 보조사업자로서 수협중앙회가 당초 입안한 계획과 상이한 계획에 따라 사업을 추진한 부분에 대한 위법성 여부

 -국고보조금 1540억원의 집행 과정에서 사업비의 증액이 발생하고 변칙적인 사업변경이 진행됨에 따라 사실상 보조금의 목적 외 사용을 한 부분에 대한 위법성 여부(신축 건물의 층별 사용 목적 변경, 도매시장 기능과는 상관없는 시설의 배치 등)

 -<농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률>에 의해 지정된 노량진수산시장의 시장개설자는 서울시임에도 불구하고, 수협중앙회가 시장을 전적으로 관리하고 통제할 수 있는 법적 적격이 있는지 여부