병무비리 사건 수사팀에 참여하고 있던 K씨는 국방부 고석 검찰부장(중령)이 기무사 병역비리 축소은폐를 위해 병무비리 정보제공자인 K씨의 신원을 노출해 수사를 방해하고 있다는 사실을 1999년 10월 언론사와 참여연대에 제보하였다.

K씨는 민간인 신분이었지만 대통령 지시사항으로 병무비리를 수사하고 있던 국방부 검찰부에 1998년 중순부터 참여해 병무비리 수사에 협조하고 있었다. 당시 검찰부장을 맡고 있던 고석 중령은 그의 신분 및 신원을 철저히 보호하라고 지시하고, 그의 합류 후 1999년 4월까지 병무비리 수사는 상당한 진전을 거두었다.

그런데 K씨의 제보에 따르면 1999년 4월 병무비리 1차 수사결과 발표 후 고석 중령은 K씨에게 수사기밀사항을 요구했다가 거절당하자 태도가 돌변하였다. 당시 국방부 검찰부는 병무비리 수사에 관한 중요한 기밀사항이 기무사 등에 유출되는 현상이 있어 보안대책을 강구했고 K씨도 자신의 지휘감독자인 이 모 검찰관에게만 수사정보 및 자료를 제공하도록 되어 있었다. 그럼에도 정보제공을 거절당한 고석 중령은 병무비리 수사로 구속된 이들에게 수사정보 제공자인 K씨의 신분을 누설하였고, 그로 말미암아 주요 피의자들이 수사에 불응하기 시작했다. 이런 이유로 2차 수사는 답보 상태에 빠졌고, 고 중령이 기무사에 수사정보를 빼돌리고 있다는 팀내 불만도 커져갔다. 결국 병역비리에 연루된 의혹이 있는 기무사 장성들의 비리혐의는 파헤치지 못하고 병무비리 수사는 종결되었다.

K씨의 제보를 접한 참여연대는 그 해 10월과 12월 각각 대통령에게 질의서와 공개서한을 보내 병역비리 수사에 있어서 수사정보제공자 누설과 수사축소 의혹 진상을 규명할 것을 요청했고, 11월에는 고석 중령을 직무상 비밀 누설 및 명예훼손 혐의로 국방부 검찰부에 고발하였다.

군검찰은 증거부족 등을 이유로 무혐의 처리했고 군법원 역시 참여연대가 제기한 재정신청을 기각했다. 하지만 2002년에 이회창 당시 한나라당 대선후보의 아들 병역면제를 둘러싼 공방과정에서 과거 수사에 참여했던 검찰관들이 고석 중령의 수사방해, 축소 은폐를 했다고 진술하였다.