주광식 휘문중학교(휘문중) 교장은 2018년 2월 서울시교육청에 학교법인 사무국장이 명예 이사장의 횡령을 돕고 있고, 학교 운동장과 체육관을 교회에 빌려줘 운동부 학생들이 학습권을 침해당하고 있으나, 교회의 보상이 학생들에게 돌아가지 않고 있다는 사실 등을 신고했다.
서울시교육청은 2018년 2월 26일부터 2018년 3월 9일까지 학교법인 휘문의숙 및 휘문고등학교(휘문고)에 대한 민원감사를 실시해, 공금횡령과 예산 부당사용, 재산 부당관리 등의 사례를 적발했다. 구체적으로 학교법인은 체육관과 운동장을 교회에 빌려주고 사용료를 받았다. 그러나 이사장 모친인 명예 이사장은 교회에 사용료 외 학교발전 후원금 명목의 기탁금을 요구하고 학교법인 사무국장에게 학교법인(학교) 명의의 계좌 개설을 지시해 기탁금을 받았으나, 이 기탁금은 학교법인(학교) 회계로 편입되지 않고 명예 이사장에게 전달됐다. 이렇게 명예 이사장이 학교법인 사무국장과 공모해 2011년부터 2017년까지 6년간 횡령한 기탁금은 38억2천5백만 원에 이르는 것으로 드러났다. 또한 명예 이사장이 학교법인 신용카드로 2억 3,199만 원을 개인적 용도로 사용한 사실과 이사장이 유흥업소 등에서 학교법인 카드로 926만 원을 사용하고, 설립자와 전 이사장의 묘소 보수비, 성묘비용 등 3,499만 원을 학교법인 회계에서 지출한 사실도 드러났다.
서울시교육청은 감사 결과를 바탕으로 학교법인에 법인 사무국장, 교장, 행정실 직원 3명에 대해 징계를 요구하고, 이사장과 이사 1명, 감사 2명에 대해서는 임원취임 승인취소를 요구했다. 또한 명예 이사장, 이사장, 학교법인 사무국장 등 6명을 업무상 횡령, 배임 등 혐의로 고발 조치하고, 휘문고 회계로 약 38억 7천만 원을 회수하도록 요구했다.
경찰 수사에서 휘문고의 학교법인 이사장 등 법인과 학교 관계자들이 55억 원 가량의 교비를 횡령한 사실이 확인됐고, 이들은 법원에서 유죄 판결을 받았다.
2019년 6월 12일, 서울중앙지방법원은 명예 이사장의 학교발전 기금 52억 원 횡령을 방조하고, 유흥이나 묘소 보수비, 성묘비용을 법인 회계로 처리 한 점을 유죄로 인정해 이사장에게 징역 3년을 선고했다. 또한 실제 횡령 범행을 실행한 혐의로 함께 재판에 넘겨진 법인 사무국장에게도 징역 4년을 선고하고 법정구속했다. 그러나 명예 이사장은 선고를 앞두고 사망해 공소가 기각됐다.